Awalnya pada tahun 1610 Kesultanan Cirebon dan VOC membuat perjanjian perdagangan di Pelabuhan Jayakarta.
Saat itu wakil VOC ialah Jacques L’Hermite sementara pihak Jayakarta diwakili oleh Pangeran Jayawikarta atau Wijayakarta penguasa Jayakarta saat itu.
Dalam perjanjian tersebut, disebutkan bahwa Belanda diijinkan membuat gudang dan pos dagang di timur muara sungai Ciliwung.
Baca juga: Sejarah Jakarta: Asal Usul Nama Tomang, dari Tempat Jin Buang Anak Hingga Berarti Dapur
Baca juga: Sejarah Jakarta: Kolam Renang Bulungan Dibangun Ali Sadikin, Pernah Dikunjungi Ratu Elizabeth II
Mendapatkan keuntungan yang besar dari perdagangan tersebut, VOC kemudian memonopoli perdagangan di Pelabuhan Jayakarta bahkan hingga berujung peperangan.
Jan Pieterszoon Coen yang merupakan Gubernur Jenderal VOC kala itu memimpin peperangan melawan Kesultanan Demak yang berakhir dengan kemenangan Belanda.
Hingga akhirnya Jayakarta jatuh ke tangan Hindia Belanda dan diubah namanya menjadi Batavia.
Di dekat pelabuhan itulah Belanda membuat sebuah kota yang juga dinamakan Batavia kini dikenal sebagai Kota Tua Jakarta.
Di masa penjajahan Hindia Belanda, Pelabuhan Sunda Kelapa menjalani renovasi besar-besaran.
Misalnya saja kanal sepanjang 810 meter pada tahun 1817 diperbesar menjadi dua kali lipat yakni 1.825 meter.
Namun memasuki abad ke-19, Pelabuhan Sunda Kelapa mulai sepi karena adanya pendangkalan.
Selain itu Batavia juga bersaing dengan Singapura dalam hal perdagangan.
Baca juga: Sejarah Jakarta: Gedung Pancasila Berusia Lebih Dua Abad, Bekas Rumah Panglima Perang Belanda
Baca juga: Sejarah Jakarta: Masjid Raya di Jakarta Rupanya Masjid KH Hasyim Asyari, Pernah Tampung Pasien Covid
Untuk menggantikannya, Belanda membangun pelabuhan samudera Tanjung Priok yang jaraknya sekitar 15 km ke timur dari Sunda Kelapa.
Di zaman penjajahan Jepang, Batavia diubah namanya menjadi Jakarta.
Kemudian setelah zaman kemerdekaan, dilakukan rehabilitasi sehingga pelabuhan ini memiliki kanal sepanjang 3.250 meter yang dapat menampung 70 perahu layar dengan sistem susun sirih.
Nama pelabuhan tersebut pun diubah seperti kejayaannya di era Pajajaran yakni Pelabuhan Sunda Kelapa.